1954년 4월 8일 성신대학 의학부(현 가톨릭대학교 성의교정가 문교부 인가로 설립됨에 따라 여의도성모병원은 의대부속병원으로 승격되어 의학교육에 첫발을 딛고 새로운 도약을 하게되었으며, 대학병원으로 지속적인 발전을 거듭하던 1969년 구 여의도성모병원과 의학부를 헐고 2년간의 공사 끝에 1961년 12월 1일 연건평 2,893평, 지하2층, 지상 7층 300병상의 전국 최신 종합병원을 준공, 임상 전과목에 대한 진료를 시작함으로써 여의도성모병원의 화려한 명동시대를 개막하였다.
1965년 7월 14일에는 신관 특병동(1,152평, 32병상)을 본관에 접속 완공하고 이어서 별관 6층건물을 본관에 접속 건축하여 정신과 병동으로 사용하였다.
1971년에는 산업재해병원을 개원하여 산재환자 진료에 새로운 장을 열었으나, 동 병원은 1986년 7월 1일 여의도성모병원에 산재진료부(직업병과, 건강관리과, 산재보험과)를 신설하여 산재환자를 진료함에 따라 폐쇄되고 말았다.
